Plateau immunomonitoring chez l’humain

Les collections internes au plateau sont réservées aux équipes de recherche d’Infinity. Pour les échantillons des équipes de recherche, nous proposons une formation au biobanking ou une réalisation en autonomie supervisée dans nos locaux. Le cadre éthique, juridique et administratif doit être mis en place avant le traitement des échantillons.

Nos collections internes

PBMC et plasma de sujets sains

Cryopréservation de PBMC

• Les PBMC sont isolés à partir de dons de sang contrôlés, fournis par l’Établissement Français du Sang (EFS) en Occitanie. Chaque don est vérifié pour l’absence d’infections transmissibles (hépatites, VIH, HTLV et syphilis).

• Notre banque compte plus de 350 donneurs depuis 2015, avec 60 à 100 nouveaux donneurs chaque année. Nous mettons à disposition des ampoules congelées contenant au moins 15 millions de PBMC, ainsi que du plasma pour les analyses sérologiques. Une analyse réalisée en 2024 sur les PBMC congelés de 56 donneurs a montré une viabilité médiane de 86,7 % (76,8 à 95,5 %) après 20 ± 4 h de décongélation. Nous vérifions chaque année que cette viabilité est maintenue sur une dizaine d’ampoules sélectionnées aléatoirement.

• Les échantillons sont caractérisés selon l’âge, le sexe, le groupe sanguin, les typages HLA-A2 et HLA-B7, ainsi que les sérologies CMV et toxoplasmose.

Tissus lymphoïdes de sujets sains

• En collaboration avec le CHU de Toulouse et la Clinique Rive Gauche, nous étudions des tissus lymphoïdes pédiatriques de sujets sains. Ces tissus, dont les fonctions et la composition cellulaire diffèrent de celles du sang périphérique, proviennent de déchets opératoires d’amygdales et de thymus pédiatriques, collectés avec l’accord des familles.

Test ELISPOT sur PBMC d’un patient hospitalisé au CHU de Toulouse

Nous proposons l’ELISPOT en libre-service ou en autonomie supervisée. Selon le volumes des projets, les analyses peuvent être ponctuellement réalisées par le plateau. La technologie est utilisée en routine dans le cadre d’études fondamentales et cliniques, notamment en collaboration avec le CHU de Toulouse.

Notre lecteur ELISPOT S6 Ultra-V Analyzer de Cellular Technology Ltd permet la lecture d’ELISPOT simples et doubles (BCIP/NBT et/ou AEC), la lecture de Fluorospot simples et doubles (FITC et/ou PE) et l’analyse de plaques ELISPOT de 96 puits

Quick Plex SQ120

Dosage multiplex

Nous proposons la quantification Meso Scale Discovery (MSD) analysées sur le Quick Plex SQ120 en libre-service ou en autonomie supervisée. Selon le volumes des projets, les analyses peuvent être ponctuellement réalisées par le plateau.

Le site https://www.mesoscale.com/ recense les centaines de quantifications et multiplex possibles sur un large éventail de biomarqueurs humains et animaux (primates, rongeurs, chien), tous adaptées au Quick Plex SQ120 :

• Le principe est l’ELISA en remplaçant la révélation colorimétrique par une révélation en électrochimiluminescence qui est sensible à cause de l’absence d’interférence entre le signal excitateur électrique et le signal émetteur lumineux. On obtient une limite inférieure de détection habituellement du picogramme/mL au femtogramme/mL et une excellente linéarité (5-log), le tout avec une possibilité de multiplexage (ex U-plex allant jusqu’à 10-plex)
• Il est possible d’adapter des tests ELISA existants au dosage en électrochimiluminescence
• Les analyses peuvent porter sur des substrats biologiques divers tels que plasma, sérum, surnageant cellulaire, broyat de tissus, liquide céphalorachidien
• Les dosages se réalisent sur plaques 96 puits complètes ou partielles avec moins de 25microL de substrat par dosage

À la demande et après validation par notre comité de pilotage, nous réalisons des études d’immunomonitoring phénotypique et fonctionnel, y compris longitudinales, sur des échantillons frais ou cryopréservés. Le plateau a notamment étudié des prélèvements d’enfants asthmatiques suivis au CHU de Toulouse, de patients infectés par le virus de l’hépatite E, de patients hospitalisés après une infection par le SARS-CoV-2 et de patients atteints de narcolepsie.

Les études se réalisent classiquement en 3 phases :

• 1ere phase : mise au point et validation des protocoles, souvent en s’appuyant sur la biobanque de sujets sains
• 2eme phase : réalisation en routine des protocoles sur les cohortes cliniques ciblées
• 3eme phase : lorsque possible, nous automatisons l’acquisition et le traitement des données à l’aide de scripts R ou Python. Par exemple, nous traitons automatiquement des fichiers texte issus d’analyses ELISPOT afin d’obtenir des valeurs normalisées de spot-forming cells (SFC) dans un fichier Excel.

La durée de ces études est par essence variable, allant de quelques semaines à plusieurs mois avec une transmission des protocoles et résultats aux équipes demandeuses.

Nous effectuons, à la demande et après validation par notre comité de pilotage, l’étude de nouvelles techniques en biobanking et immunomonitoring, en incluant l’évaluation de leurs variations intra- et inter-expérimentales, à savoir entre les expérimentateurs et au cours du temps. Nous enseignons nos approches pour soutenir des recherches translationnelles et cliniques. 

Exemples de développements réalisés sur le plateau

• Contrôles de qualité de biobanques de PBMC potentiellement fragiles (ex : échantillons transportés depuis d’autres régions de France, patients avec certaines pathologies pouvant affecter les cellules sanguines)
• Isolement de PBMC d’échantillons sanguins de faible volume en vue d’études pédiatriques
• Test de kits d’isolement de PBMC en comparaison avec les méthodologies classiques par Ficoll
• Comparaison de méthodes automatisées de comptage de PBMC frais ou cryopréservés
• Standardisation des analyses ELISPOT
• ELISPOT ex vivo sur PBMC frais en comparaison sur des PBMC cryopréservés
• Mise au point de profil cytométriques multiparamériques en lien avec le plateau cytométrie d’Infinity

À la demande et après validation par notre comité de pilotage, nous accompagnons les équipes dans leurs démarches administratives afin de faciliter l’information des patients et le respect du cadre éthique et légal de la recherche sur la personne humaine. Pour les projets promus par l’Inserm, nous faisons également le lien avec les spécialistes des affaires réglementaires des tutelles CHU et Inserm.

Exemples

• Rédaction de notices d’information et de formulaires de consentement éclairé pour les patients mineurs et majeurs 
• Déclaration de collections d’échantillons biologiques humains auprès du MESR et du Comité de protection des personnes 
• Mise en place du cadre éthique, contractuel et administratif des recherches portant sur des déchets opératoires du CHU

Human immune-monitoring and ELISPOT in our core facility

• Monitoring HLA-A2-restricted T cell responses and BCLA-specific serostatus during human latent Toxoplasma gondii infection suggests the implication of CD8+ T cells in parasite containment. Romieu-Mourez R, Paulet PE, Bassot E, Palak A, Carvaillo T, Dépéry L, Robert MG, Iriart X, Fillaux J, Berry A, Hakimi MA, Blanchard N. J Infect Dis. 2026 Jul 1:jiag333
• Viral clearance and escape during therapy of COVID-19 outpatients: A prospective cohort study. Martin-Blondel G, Burgat P, Leducq V, Porrot F, Cottignies-Calamarte A, De Cruz A, Dorival C, Romieu-Mourez R, Chaubet C, Cazaentre V, Boumaza X, Richier Q, Gaborit B, Coustilleres F, Dubée V, Ader F, Yordanov Y, Schwartz O, Marcelin AG, Lusivika-Nzinga C, Carrat F, Soulié C, Liblau R, Bruel T; ANRS 0003S CoCoPrev Study Group. iScience. 2025 Nov 26;28(12):114226
• Humoral and Cellular Immune Responses of Solid Organ Transplant Patients on Belatacept to Three Doses of mRNA-Based Anti-SARS-CoV-2 Vaccine. Abravanel F, Marion O, Del Bello A, Beunon T, Romieu-Mourez R, Couat C, Pucelle M, Staes L, Guitard J, Esposito L, Faguer S, Kamar N, Izopet J. Vaccines (Basel). 2022 Feb 24;10(3):354
• Assessment of 4 Doses of SARS-CoV-2 Messenger RNA-Based Vaccine in Recipients of a Solid Organ Transplant. Kamar N, Abravanel F, Marion O, Romieu-Mourez R, Couat C, Del Bello A, Izopet J.JAMA Netw Open. 2021 Nov 1;4(11):e2136030
• Separation of the CaV 1.2-CaV 1.3 calcium channel duo prevents type 2 allergic airway inflammation. Giang N, Mars M, Moreau M, Mejia JE, Bouchaud G, Magnan A, Michelet M, Ronsin B, Murphy GG, Striessnig J, Guéry JC, Pelletier L, Savignac M. Allergy. 2022 Feb;77(2):525-539
• Circulating follicular helper T cells exhibit reduced ICOS expression and impaired function in narcolepsy type 1 patients. Nguyen XH, Dauvilliers Y, Quériault C, Perals C, Romieu-Mourez R, Paulet PE, Bernard- Valnet R, Fazilleau N, Liblau R. J Autoimmun. 2018 Nov;94:134-142
• Conventional and innate lymphocytes response at the acute phase of HEV infection in transplanted patients. Abravanel F, Barragué H, Dörr G, Sauné K, Péron JM, Alric L, Kamar N, Izopet J, Champagne E.J Infect. 2016 Jun;72(6):723-730

Meso Scale Discovery biomarker quantification in our core facility

• Toxoplasma gondii infection and chronic IL-1 elevation drive hippocampal DNA double-strand break signaling, leading to cognitive deficits. Belloy M, Schmitt BAM, Marty FH, Paut C, Bassot E, Aïda A, Alis M, Zahm M, Chaubet A, Garnier H, Flores-Aguilar T, Roitg E, Gutierrez-Loli R, Allart S, Ecalard R, Boursereau R, Ligat G, Gonzalez-Dunia D, Blanchard N, Suberbielle E. Nat Neurosci. 2025 Oct;28(10):2067-2077.
• Immune signatures link myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody-associated disease to other autoantibody-mediated conditions. Schmid J, Alberti C, Power L, Nuñez NG, De Feo D, Tyystjärvi S, Kulsvehagen L, Kreiner V, Ayroza Bleher AB, Lipps P, Swinnen S, Ingelfinger F, Ulutekin C, Chaubet C, Unger S, Kreutmair S, Marignier R, Korn T, Pröbstel AK, Liblau R, Becher B. Sci Transl Med. 2025 Oct 8;17(819)
• Intact proviruses are enriched in the colon and associated with PD-1+TIGIT- mucosal CD4+ T cells of people with HIV-1 on antiretroviral therapy. Vellas C, Nayrac M, Collercandy N, Requena M, Jeanne N, Latour J, Dimeglio C, Cazabat M, Barange K, Alric L, Carrere N, Martin-Blondel G, Izopet J, Delobel P. EBioMedicine. 2024 Feb;100:104954

Use of our in-house biobanks