Plateau Cytométrie & tri cellulaire
Le plateau de cytométrie et tri cellulaire de l’Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires est rattaché à la Plateforme technologique des sciences du vivant Toulouse Réseau Imagerie (TRI), labellisée IBiSA et membre de l’infrastructure nationale France-BioImaging. Le plateau, certifié iso 9001 version 2015 et NF X50-900 version 2016, propose un ensemble de ressources et de compétences dédiées au tri cellulaire et à l’analyse par cytométrie en flux et en image. Ce plateau, intégré dans une zone de confinement L2, est équipé de 4 analyseurs, 3 trieurs de cellules et 1 cytomètre en image. Le personnel assure du conseil, de l’assistance, des formations ainsi que de l’enseignement à l’Université Toulouse III. Le personnel du plateau pet également vous accompagner dans la mise au point et le développement de projets de recherche sous forme de collaboration.
L'équipe
Responsables : F.E.L’Faqihi-Olive & V.Duplan-Eche
Projet OCTOPUs
Le projet OCTOPUs, financé par la Région Occitanie, vise à mieux comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires clé du processus de vieillissement de la peau et en particulier du prurit. Ce projet englobe 4 approches technologiques comprenant la cytométrie en flux multi-paramétrique pour le phénotypage des cellules immunitaires, l’imagerie des interactions cellules-cellules dans leur environnement tissulaire, l’analyse globale métabolomique et lipidomique et l’implémentation d’un système d’analyse digitale dédié à l’intégration et l’interprétation des données. Des partenaires industriels locaux (Pierre Fabre Dermo-Cosmétique) et nationaux (Société Brucker et BD Biosciences) ont contribué à ce projet.
Le plan de financement a permis l’acquisition d’équipements à la pointe de la technologie ; dont un Cytomètre permettant d’étudier 30 paramètres simultanément (Symphony, BD Biosciences). Cet instrument ‘haute performance’, installé en Juillet 2020, permet l’étude de l’immunosénescence et l’identification de biomarqueurs associés au vieillissement en caractérisant très finement les réseaux complexes formés par les cellules immunitaires.
Prestations de service
Analyse et tri cellulaire à la demande des équipes de recherche appartenant à des organismes publics ou privés.
Recherche et Développement
Le personnel du plateau peut vous accompagner dans la mise au point et le développement de projets de recherche sous forme de formations et/ou de collaborations.
NOUVEAU : Mise à disposition de panels 30 paramètres optimisés sur le cytomètre BD FACSymphony
Formation, conseil, expertise
- Formation à l’utilisation des appareils
- Aide à la mise en place ou l’optimisation d’un protocole expérimental
- Mise en place de panels multicouleurs optimisés
- Aide à l’analyse et l’interprétation des résultats
- Expertises pour les laboratoires privés
- Formations continues
- Formations CNRS Entreprises
- Retraitement des données avec FlowJo
- Cytométrie avancée et standardisation
- Cytométrie en Image
Applications
Analyse par cytométrie en flux
- Multimarquages membranaires
- Multimarquages intracelluaires
- Cycle cellulaire
- FRET
- Analyses multiplex
- Flux calcique
Analyse par cytométrie en image
- Comptage de spots
- Translocation nucléaire
- Autophagie
- Cycle cellulaire
- Internalisation
Tri cellulaire
- Tri haute vitesse
- 4 voies de tri
- Module de clonage
Retraitement des données
Formation et accompagnement aux logiciels dédiés à l’analyse des données de cytométrie en flux (FlowJo, OMIQ ) et en image (IDEAS)
Équipements
Trieurs de cellules
Caractéristiques communes
- Vitesse de tri : 10000 à 30000 cellules/seconde, Possibilité de trier 4 populations simultanément, Unité de clonage
Équipements
- FACSARIA-SORP (BD Biosciences) 4 sources d’excitation (488nm, 630nm, 405nm et 355nm), 13 fluorescences. Configuration (pdf)
- FACSARIA-II (BD Biosciences) 3 sources d’excitation (488nm, 630nm, 405nm). 11 fluorescences Configuration (pdf)
- FACSARIA-FUSION (BD Biosciences) 5 sources d’excitation (355nm, 405nm, 488nm, 561nm, 630nm), 18 fluorescences. Configuration (pdf)
Cytomètres
- Symphony A5 (BD Biosciences) 5 sources d’excitation (355 nm, 405 nm, 488 nm, 561nm et 637 nm) mesure de 30 fluorescences. Configuration (pdf)
- Fortessa X20 (BD Biosciences) 5 sources d’excitation (355 nm, 405 nm, 488 nm, 561nm et 640 nm) mesure de 18 fluorescences. Configuration (pdf)
- LSR-Fortessa (BD Biosciences) 4 sources d’excitation (405 nm, 488 nm, 561nm et 633 nm) mesure de 16 fluorescences. Configuration (pdf)
- MACSQuant10 (Miltenyi Biotec) 3 sources d’excitation 405nm, 488nm et 633nm mesure de 8 fluorescences. Configuration (pdf)
Cytomètre en image
ImageStreamX MarkII
- 3 sources d’excitation : 405nm, 488nm et 633nm
- 3 tailles d’objectif : 20x, 40x et 60x
- Collecte simultanément jusqu’à 6 images de chaque cellule à l’aide d’une caméra CCD
- Quantifie sur un grand nombre de cellules de nombreux paramètres morphologiques (forme, taille, intensité, localisation, internalisation…)
Logiciels
Contact & réservation
Une formation est obligatoire pour les personnes qui souhaitent travailler en autonomie sur l’ensemble des cytomètres. Chaque utilisateur doit remplir une fiche de demande et signer le règlement intérieur. Il doit faire une demande de validation avant de pouvoir se réserver en ligne sur les appareils.
Les personnes souhaitant une assistance ou les utilisateurs n’ayant pas accès au planning doivent prendre rendez-vous avec le personnel du plateau.
Pour les trieurs de cellules qui sont pilotés par le personnel, il est impératif de formuler sa demande de rendez-vous auprès du plateau.
Autres informations
Le comité de pilotage
Responsable scientifique : S. Laffont-Pradines
- F. Masson (Equipe N. Blanchard)
- R. Poupot (Equipe J. Ausseuil / R. Poupot)
- A. Dejean (Equipe A. Saoudi / L. Liblau)
- M. Requena (Equipe J. Izopet / B. Lagane)
- H. Martin (Equipe D. Dunia / C. Malnou)
- C. Pérals (Equipe N. Fazilleau / S. Guerder)
- A. Loste (Equipe N. Gaudenzio)
- B. Salomon (Equipe J. Van-Meerwijk / O. Joffre)
- N. Rouquié (Equipe R. Lesourne / L. Dupré)
- M. Savignac (Equipe J.C. Guéry)
- L. Reber (Equipe L. Reber)
- A. Marches (Equipe M. Simon)
- M. Diaz Munoz (Equipe M. Diaz Munoz)
- H. El Costa (Equipe N. Jabrane-Ferrat)
- E. Espinosa (IRSD)
Publications
2022
A selective LIS1 requirement for mitotic spindle assembly discriminates distinct T-cell division mechanisms within the T-cell lineage. Elife. 2022 Dec 15;11:e80277. doi: 10.7554/eLife.80277.
Outer membrane vesicles produced by pathogenic strains of Escherichia coli block autophagic flux and exacerbate inflammasome activation. Autophagy. 2022 Dec;18(12):2913-2925. doi: 10.1080/15548627.2022.2054040. Epub 2022 Apr 7.
2021
Stochastic asymmetric repartition of lytic machinery in dividing CD8+ T cells generates heterogeneous killing behavior. Elife. 2021 Jan 11;10:e62691. doi: 10.7554/eLife.62691.
2019
Increased CXCR3+ T Cells Impairs Recruitment of T-Helper Type 17 Cells via Interferon γ and Interleukin 18 in the Small Intestine Mucosa During Treated HIV-1 Infection. J Infect Dis. 2019 Jul 31;220(5):830-840. doi: 10.1093/infdis/jiz123.
2017
IL-33 fine tunes mast cell degranulation and chemokine production at the single-cell level. J Allergy Clin Immunol. 2017 Aug;140(2):497-509.e10. doi: 10.1016/j.jaci.2016.09.049. Epub 2016 Nov 19.
2016
Cytotoxic, apoptotic, and sensitization properties of ent-kaurane-type diterpenoids from Croton tonkinensis Gagnep on human liver cancer HepG2 and Hep3b cell lines. Fundam Clin Pharmacol. 2016 Apr;30(2):137-46. doi: 10.1111/fcp.12176. Epub 2016 Jan 18.
Formulaires de demande et liens utiles
Formulaires à remplir pour les nouveaux utilisateurs :
Liens vers nos partenaires :
CNRS
Inserm
UT3
TRI-Genotoul
