La formation des centres germinatifs (GC) est une caractéristique de la lutte contre les pathogènes, mais ceux-ci sont aussi la source de la plupart des lymphomes B non hodgkiniens. Les GC sont des structures anatomiques distinctes qui se forment dans les organes lymphoïdes secondaires, tels que la rate et les ganglions lymphatiques lors d’une l’infection par un pathogène. Ils ne constituent pas seulement des sites où se déroule l’expansion clonale des lymphocytes B, mais aussi où le répertoire d’anticorps se diversifie. En effet, dans les GC, les lymphocytes B subissent une maturation d’affinité qui correspond à la mutation des gènes codant pour les immunoglobulines (Ig) qui est suivie par la sélection des cellules exprimant des immunoglobulines d’affinité augmentée. Ce processus génère les cellules productrices d’anticorps et des lymphocytes B mémoires qui protègent contre les infections récurrentes. Un contrôle strict de l’hypermutation somatique des Ig et de la réparation des lésions de l’ADN est essentiel à la production d’anticorps. En effet des mutations mal ciblées peuvent conduire à des translocations chromosomiques et à une transformation tumorale des lymphocytes B.

Notre recherche combine l’utilisation de modèles de souris transgéniques et les technologies de séquençage profond de l’ARN pour explorer le rôle des protéines de liaison de l’ARN lors du développement des lymphocytes B, ainsi que pour les CG et la production d’anticorps. En particulier, nous étudions comment la régulation de l’épissage et de la traduction de l’ARNm peut affecter le métabolisme des lymphocytes B et l’expansion et la différenciation des lymphocytes B en réponse à des modèles d’infection et de vaccination avec des antigènes modèles.

Comprendre comment les protéines de liaison à l’ARN permettent la commutation isotypique et l’hypermutation somatique dans les lymphocytes B des GC tout en préservant l’intégrité du génome est un point fondamental de notre recherche.

La mutagenèse et la réparation de l’ADN sont des processus particulièrement régulés et liés au cycle cellulaire. Différents points de contrôle du cycle cellulaire (aux phases G1, S et M) permettent l’évaluation et l’élimination des lymphocytes B des GC ayant acquis des mutations potentiellement oncogéniques. Les protéines de liaison à l’ARN jouent un rôle fondamental dans ce processus car elles contrôlent non seulement la prolifération des lymphocytes et la progression du cycle cellulaire, mais aussi modulent la synthèse rapide de protéines clés du cycle cellulaire et de régulateurs reconnaissant les dommages de l’ADN tels que p53.

Notre recherche vise à caractériser les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation cellulaires qui modulent la localisation subcellulaire de l’ARNm et la traduction des oncogènes dans les lymphocytes B subissant des processus de modifications de l’ADN tels que la commutation isotypique et l’hypermutation somatique. Nous explorerons comment les protéines liant l’ARN contribuent à la sélection des lymphocytes B mutées produisant des anticorps de haute affinité tout en empêchant leur transformation tumorale.

Dans les cancers, la régulation post-transcriptionnelle de la synthèse protéique joue un rôle central dans l’expression des gènes. En réponse à un signal oncogénique, la dérégulation de facteurs de traduction induit la synthèse de protéines spécifiques qui favorisent la croissance tumorale et influencent la réponse aux traitements. Nous avons montré précédemment que 50% des cancers ovariens présentent une activation constitutive de MEK/ERK, indépendamment des mutations KRAS/BRAF, mais en conséquence de l’accumulation de MAP3K8 dans les cellules tumorales. Ceci favorise la croissance tumorale et induit la traduction d’un ensemble d’ARNm spécifiques dont certains pourraient moduler la réponse immunitaire anti-tumorale. Notre but est d’analyser les causes et les conséquences de la reprogrammation traductionnelle induite par MAP3K8/MEK dans les cellules tumorales et de comprendre comment cela affecte les cellules immunitaires du microenvironnement tumoral. Nos objectifs principaux sont d’étudier : (1) le rôle de MAP3K8/MEK dans les interactions réciproques entre cellules tumorales et immunitaires du microenvironnement tumoral ; (2) les mécanismes moléculaires impliqués dans la reprogrammation traductionnelle induite par l’activation constitutive de MEK dans les cellules tumorales ; (3) l’intérêt d’inhiber la machinerie traductionnelle pour les patients présentant un cancer de l’ovaire avec une activation constitutive de MEK.

Comprendre la régulation du développement et de la différenciation lymphocytaire nécessite une analyse approfondie du génome cellulaire, du transcriptome et du translatome. Le développement des techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) a révélé des réseaux de molécules d’ARNm qui réagissent de manière similaire à un stimulus donné. Ces avancées technologiques ont permis de déchiffrer les propriétés de liaison à l’ARN de centaines de protéines et d’identifier l’ensemble des protéines de liaison à l’ARN associées à un seul transcrit. L’interprétation et l’intégration de ces données globales pour comprendre la régulation du développement des lymphocytes est un des grands objectifs de notre laboratoire.

Nous appliquons des méthodes NGS (iCLIP) pour identifier les interactions physiques entre les protéines de liaison de l’ARN et leurs cibles ARNm dans les lymphocytes B primaires à l’échelle globale. L’intégration de l’interactome proteine:ARN, du transcriptome et du translatome (mesurés par RiboSeq et Polysome + séquençage) nous a permis de découvrir les principales fonctions moléculaires des protéines de liaison à l’ARN HuR et Tia1 dans les lymphocytes B. Certaines des fonctions régulatrices exercées par ces protéines de liaison à l’ARN sur leurs ARNm cibles sont médiées par leur liaison aux éléments régulateurs présents dans la région 3′ non traduite (3’UTR). Comment la liaison de HuR et Tia1 aux régions 3’UTR de leur ARNm cibles affectent la localisation subcellulaire des ARNm, leur stabilité et leur dégradation sont des questions importantes pour comprendre la régulation de l’expression d’oncogènes dans les lymphocytes B primaires et dans les cellules de lymphome B.